Eğer URL bir düzeni şu anda telefonda kayıtlı değilse... javascript ile kontrol etmek için herhangi bir yolu var mı?

Değil sorunsuz. Ama bir şekilde eğer pop-up bloke olup olmadığını kontrol benzer.

Desteklenmeyen URL şeması çalıştığınızda, Safari yapmak ve aynı sayfada kalmak ne olduğunu bilmiyorlar kullanıcıyı uyarır.

Yani eğer sana verirsem uygulama-arama etkinleştirmek için, 300 ms, söylemek ve başka bir düzeni olmayan varlık karşılık vermek gerekiyorsa, o zaman biraz zaman.

Güzel değil ama işe yarıyor:

function startIThrown(){
  document.location = 'ithrown://restart';
  setTimeout(function(){
    if(confirm('You do not seem to have iThrown installed, do you want to go download it now?')){
      document.location = 'http://itunes.apple.com/WebObjects/MZStore.woa/wa/viewSoftware?id=293049283&mt=8&uo=6';
    }
  }, 300);
}

<a href="#" onclick="startIThrown()">Restart iThrown</a>