178,000 düğümleri ve 500.000 kenarları yönlendirilmemiş bir grafik işleme için tavsiyeye ihtiyacım var. Elbette, Lale ve Cytoscape denedim. Şahaneymiş hatta uzaktan yakından ilgisi yok ve Lale ve Cytoscape bunu kabullenebilirler ama iddia etmek mümkün görünmüyor. (Lale hiçbir şey ve çalışmak için Cytoscape iddia ediyor, sonra durur.)

Sadece vektör dosya biçimi (ps ya da pdf) düğümler uzaktan makul bir düzen istiyorum.

Büyük Graphviz grafikler oluşturma için kendisi bir çözüm sağlar.

Yani, Graphviz içerir sfdp, bir ölçekli sürümü fdp (de graphviz, benzer şahaneymiş) düzeni büyük yönlendirilmemiş grafikler getirilmemiş olan yararlı için çizim büyük grafikler (düğüm 70 k, 500 k kenarlar) projem.

http://www.graphviz.org/ graphviz web sitesinde, kendisini bu yazılım belgeleri bulabilirsiniz

Daha fazla bilgi, bir kağıt temel teknikleri anlatan ve örnekler burada bulunabilir: http://yifanhu.net/PUB/graph_draw_small.pdf