Farklar nelerdir?

Her bir işlev için özel bir durum ya da bir nedeni var mı? Evet, bu durumlara bazı örnekler verebilir misiniz?

PHP.net harici programları çalıştırmak için kullanılır diyor. Örnekler görüyorum, herhangi belirgin bir fark göremiyorum.

Eğer sadece bir komut dosyası (bash veya python) çalıştırmak için olsaydı, hangi fonksiyonu kullanmak için bana tavsiye edersiniz?

Biraz daha farklı amaçları vardır.

exec() sistem bir komut arıyorum, ve belki de bu çıktı ile ilgili kendiniz için.
system() sistemi bir komutu yürütmeden ve hemen çıktı - muhtemelen metin görüntülemek için.
passthru() ham karşılığında istediğiniz bir sistem komutu çalıştırmak için - muhtemelen bir ikili.

Ne olursa olsun, bunlardan herhangi kullanmayın öneririz. Onlar son derece unportable kod üretmek.